Cet article a reçu une mention spéciale décernée lors du Prix étudiant 2026 du journalisme environnemental, attribué par l’association des Journalistes-écrivains pour la Nature et l’Ecologie (JNE) et l’Université Paris Dauphine-PSL avec le soutien de la Fondation Madeleine abritée par la Fondation Dauphine.
par Morgane Pubert
Dans les campagnes françaises, la méthanisation change d’échelle. À Cérilly, en Côte-d’Or, la plus grande usine de « gaz vert » du pays mobilise des milliers d’hectares agricoles. Porté par les objectifs énergétiques de l’État, ce modèle fait pression sur des terres et accélère leur appauvrissement.
Elle se dresse au bord d’une départementale qui fend les plaines céréalières de la Côte-d’Or. « Unité de méthanisation », annonce un panneau esseulé, depuis le bas-côté. Comme s’il était possible de la manquer. Étalée sur 15 hectares, l’usine Sécalia est le plus grand site de méthanisation de France. Ses cuves noires de 25 mètres de haut digèrent 200 000 tonnes de seigle fourrager par an pour en extraire du biométhane.
Inauguré en septembre 2024, le méthaniseur est exploité par le groupe danois Nature Energy, racheté en 2023 par le pétrolier Shell. Il fonctionne à partir de 90 % de seigle fourrager et 10 % de menues pailles et de résidus de triage de céréales. Pour l’alimenter, 5 000 hectares de terres sont cultivés par 150 agriculteurs adhérents de la coopérative bourguignonne Dijon Céréales.
À plein régime, l’unité affiche une capacité de production de 230 gigawattheures (GWh) d’énergie injectée dans le réseau gazier français. Assez pour chauffer 25000 foyers. C’est dix fois la puissance moyenne des sites de production de biométhane en France.
Son gigantisme est le symbole d’une filière en transformation rapide. Le 13 février 2026, le gouvernement a annoncé, dans sa planification pluriannuelle de l’énergie (PPE III), vouloir multiplier par trois la production de « gaz vert » d’ici à quatre ans. Son objectif : 44 térawattheures (TWh) en 2030, soit 15 % du gaz consommé dans le pays.
Aux pieds du colosse d’acier, un petit village de 240 habitants : Cérilly. Un kilomètre et demi sépare ses maisons jaunes du méthaniseur. Depuis sa mise en service, les vents dominants charrient des odeurs de seigle en décomposition. « Ces effluves d’œufs pourris irrespirables peuvent durer un quart d’heure, deux heures, parfois une journée complète », décrit Martine (1), habitante de Cérilly depuis 1978. Malgré son attachement à sa commune, elle songe de plus en plus à la quitter. « Nos maisons sont devenues invendables. Mon voisin a fait estimer la sienne par un agent immobilier : sa valeur a chuté de 30 %. »
Un territoire peu dense et peu militant
Martine se mobilise contre Sécalia depuis 2019, avec le soutien de l’association locale Bien vivre à la campagne. A l’époque, elle assiste à un conseil municipal où la coopérative agricole Dijon Céréales expose sa future collaboration avec Nature Energy. « On nous a présenté un projet vertueux, et dit qu’il n’y aurait jamais aucune odeur », se souvient-elle.
En mai 2022, le préfet de la Côte-d’Or ouvre une enquête publique d’un mois sur le projet de Nature Energy. L’objectif : évaluer si les risques environnementaux de l’unité (ICPE) sont maîtrisés pour accorder un permis de construire. Citoyens, associations et élus peuvent émettre des avis. La Confédération paysanne de la Côte-d’Or, France Nature Environnement Bourgogne, le Syndicat des bassins du Serein et la société de gestion des eaux Epage Sequana expriment leurs réticences.
« Aucun des 300 commentaires déposés n’a été pris en compte », se souvient Valérie Jacq, ex-candidate Nupes aux législatives de 2024. « Les locaux sont venus chercher les cellules dijonnaises d’Extinction Rébellion, d’Attac, de la Confédération paysanne, des Verts et de La France insoumise », détaille-t-elle. Ensemble, ils créent Méga méthaniseur ni ici ni ailleurs. Un collectif qui ne rejette pas la méthanisation en elle-même. « Nous nous opposions seulement aux dimensions de ce projet et au fait qu’il produise de l’énergie avec des cultures au lieu de déchets agricoles », souligne Valérie Jacq.
Car loin du gigantisme de Sécalia, la majorité des méthaniseurs en service dans l’Hexagone sont de petites unités « à la ferme ». En 2023, la Cour des comptes en dénombrait environ 1 200 sur les 1 911 recensés sur le territoire. Jusqu’en 2015, les pouvoirs publics encouragent les agriculteurs à produire leur propre électricité et chaleur, à partir du biogaz obtenu après fermentation de déchets. La construction de ces méthaniseurs, dits en « cogénération », est subventionnée. Le but ? Convertir déjections animales et résidus de culture en un complément de revenu. Les agriculteurs sont incités à vendre le surplus d’électricité à EDF à un tarif garanti.
Aujourd’hui, de plus gros méthaniseurs fleurissent sur le territoire. Dits à « injection », ils ne produisent plus de l’électricité décarbonée, mais du biométhane, ou « gaz vert », directement injectable dans le réseau gazier français. La raison ? La France produit assez d’électricité décarbonée grâce au nucléaire. L’État entend verdir sa consommation gazière et renforcer sa souveraineté en important moins de gaz fossile. Au second semestre 2025, le pays comptait 787 unités de production de biométhane, contre environ 45 en 2010.
Mais qui dit virage technologique, dit changement d’acteurs. Plus perfectionnés, les méthaniseurs à injection de biométhane impliquent des investissements plus lourds, de l’ordre de 4,8 millions d’euros en moyenne contre 1,9 en cogénération, selon l’étude Métha’Revenus publiée en 2020 par le ministère de l’Agriculture. Les céréaliers, généralement en bonne santé financière, sont désormais les derniers agriculteurs à disposer du capital suffisant pour porter des projets devant des banques.
Plus grande nouveauté : les sociétés privées – constructeurs d’unités, coopératives agricoles, agro-industriels, entreprises du recyclage, fournisseurs d’énergie – s’invitent désormais au capital des projets d’agriculteurs, voire rachètent des méthaniseurs qu’ils exploitent eux-mêmes. Comme l’indique l’étude, les énergéticiens comme Engie ou TotalEnergies se positionnent « comme les acteurs de la filière “biométhane” les mieux placés pour relever le défi de son industrialisation ». Un constat partagé par Shell, qui s’est engouffré dans ce business en construisant Sécalia.
En octobre 2022, alors que la construction de la méga-usine a démarré, 150 riverains et militants manifestent dans les rues de Cérilly. Trop peu nombreux pour stopper le projet. « On avait fait beaucoup de tractage, mais ça n’a pas mobilisé les foules », poursuit Valérie Jacq.
La militante reste persuadée qu’un sursaut citoyen aurait pu faire pencher la balance. En 2021, un projet de méthaniseur XXL a été annulé à Corcoué-sur-Logne (Loire-Atlantique) grâce à l’opposition de 3 000 citoyens pétitionnaires et de douze élus locaux. Mais la culture militante n’est pas aussi développée dans une région peu dense comme le Châtillonnais, se désole-t-elle. « Nature Energy a choisi cette zone en anticipant l’absence d’opposition citoyenne. Ici, il y a très peu de militantisme écolo car les campagnes ont déjà été sacrifiées à une agriculture intensive. » Et de fustiger une enquête publique « illisible pour le grand public ». Un point évoqué aussi par la Mission régionale d’autorité environnementale de Bourgogne Franche-Comté dans son avis sur la demande d’autorisation du projet (2).
Néanmoins, les deux associations locales, Bien vivre à la campagne et la Grande Côte châtillonnaise, engagent un recours judiciaire contre les permis de construire, puis contre l’autorisation ICPE (Installation classée pour la protection de l’environnement). La seconde procédure a été transmise au Conseil d’État début 2025. François Saison, adhérent de la Grande Côte châtillonnaise et ingénieur à la retraite, a aussi produit un rapport de 700 pages sur les risques sous-évalués : débordement des cuves, fuites de méthane, pollution des eaux, du sol…
Une manne pour les agriculteurs
Pour le maire de Cérilly, Christophe Pinel, le méthaniseur est un pari gagnant. L’installation offre un complément de revenus aux agriculteurs locaux fragilisés économiquement. Leur mission : fournir à Sécalia 200 000 tonnes de seigle par an. « Avec l’interdiction de certains traitements phytosanitaires, il y a eu une baisse de rentabilité, notamment sur le colza. Le seigle permet d’augmenter la rotation des cultures », expose l’élu. Pour produire du biométhane, l’usine a passé un contrat avec 150 céréaliers dans un rayon d’une trentaine de kilomètres.
Nature Energy n’a pas choisi le seigle au hasard. La céréale a un potentiel de génération du méthane plus important que les déjections des animaux d’élevage, historiquement utilisées par les méthaniseurs français. C’est aussi une culture d’hiver, qui peut être exploitée en complément d’une culture d’été dite « principale », comme le colza, le maïs, le tournesol ou le soja.
Rustique, le seigle pousse mieux que la plupart des céréales dans des sols pauvres, acides ou superficiels, comme ceux du Châtillonnais. « Ici, certains terrains font 1,50 mètre de profondeur, mais d’autres sont beaucoup plus superficiels et pierreux », expose le maire de Cérilly. Les 15 hectares de l’usine de Sécalia appartenaient d’ailleurs en partie à un agriculteur mécontent de ses rendements. « Le terrain qu’il a vendu s’appelle “Champs malades” », détaille l’édile.
« Le seigle soutient tout le monde, surtout depuis qu’il y a des sécheresses en juin qui font baisser les récoltes de blé », confirme Christophe Gérard, agriculteur céréalier et adhérent de Sécalia. À Poinçon-lès-Larrey, commune située à six kilomètres du méthaniseur, Christophe Gérard dirige un groupement agricole d’exploitation en commun (Gaec) de 550 hectares. « Mes hectares les plus rentables sont ceux où je produis du seigle pour le méthaniseur », expose-t-il. Le céréalier fait pousser environ 500 tonnes de seigle par an pour l’usine sur 60 hectares dédiés. Cette production lui rapporte 50 000 euros bruts. A cela s’ajoutent les revenus du tournesol et du soja, plantés après récolte du seigle.
Pour Geoffrey Chevalier, agriculteur biologique à Châtillon-sur-Seine, le seigle permet de résister aux fluctuations du marché. Car le prix à la tonne fixé par Sécalia est encadré pour quinze ans, contrairement au cours du blé qui peut doubler d’une année sur l’autre. Cette stabilité le rassure : « Depuis fin 2021, c’est assez compliqué en agriculture biologique. Il faut innover pour gagner sa vie. »
Outre un pécule financier, les agriculteurs reçoivent aussi du digestat, un concentré du seigle fermenté dans le méthaniseur. Celui-ci demeure au fond des cuves, après extraction du biométhane, et sert d’engrais naturellement riche en azote, phosphore et potassium.
Des sols surexploités
« Il s’agit de ne pas reproduire le modèle de la méthanisation allemande », explique Guillaume Henry, ingénieur de recherche à l’École nationale supérieure en agronomie et industries alimentaires (Ensaia). Dans les années 2000, le gouvernement allemand a encouragé la monoculture de maïs. Conséquences : un appauvrissement des sols et une concurrence avec la production alimentaire. Afin que des cultures françaises ne soient pas massivement détournées à des fins énergétiques, un décret de 2016 a plafonné l’utilisation de céréales en cultures principales à 15 % des intrants d’un méthaniseur. Mais les cultures intermédiaires, comme le seigle, restent sans plafond et sont même qualifiées de « cultures à vocation énergétique » (CIVEs).
Selon Cyril Beaulieu, agriculteur et porte-parole de la Confédération paysanne de Bourgogne, les sols du Châtillonnais sont trop pauvres pour une double culture intensive. « La réserve hydrique dans les sols calcaires comme ceux du Châtillonnais ne permet pas d’alimenter une culture principale alors que la CIVE a déjà tout pris », expose-t-il.
Autre problème : semer une CIVE durant l’hiver réduit le cycle de la culture alimentaire, plantée après. Une plante comme le blé, se sème, par exemple, en octobre et non au printemps. « C’est extrêmement risqué de spéculer sur une récolte satisfaisante quand on sème une culture principale tardivement, sur un sol qui ne n’est pas encore régénéré », souligne-t-il.
Utiliser du digestat comme engrais fait aussi débat. Selon l’étude Metha-BioSol, publiée fin 2025 par l’Institut national de recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement (Inrae), le digestat appauvrit la vie du sol après huit à dix ans d’utilisation régulière. Il produit le même effet sur le sol que les engrais chimiques. Comme ceux-ci,le digestat apporte des nutriments minéraux à court terme, mais peu de carbone organique, essentiel aux microbes et des vers de terre qui oxygènent le sol. L’Inrae observe ainsi une « chute de la biomasse microbienne », plus marquée avec les digestats 100 % céréales, comme celui produit par Sécalia.
Ce phénomène s’inscrit dans une tendance plus large de dégradation des sols agricoles. Selon le Réseau de mesure de la qualité des sols (RMQS), la matière organique a déjà diminué de 20 % à 30 % en trente ans dans les champs français.
Le bilan carbone de l’usine Sécalia pose également question. Sur le papier, le biométhane émet cinq à dix fois moins de gaz à effet de serre (GES) que le gaz naturel fossile. Pour l’unité de Cérilly, l’exploitant affiche un bénéfice de 36 411 tonnes de CO₂ évitées par an. Mais cette performance théorique s’accompagne d’un important trafic routier lié à l’approvisionnement. En période de récolte, le site nécessite jusqu’à « 140 rotations de camions par jour et autant pour l’ensemble des cinq sites de stockage décentralisés », estimait la MRAe (Mission régionale d’autorité environnementale) en 2022. Le reste de l’année, ce flux retombe à environ 37 rotations quotidiennes. Selon Sécalia, le transport ne représenterait que 2 % de ses émissions totales.
Le risque de pénurie de biomasse
L’industrialisation de la méthanisation devrait vite se heurter à une autre limite, plus structurelle : celle de la biomasse disponible. Selon la Cour des comptes, elle « pourrait devenir insuffisante dès 2030 » pour suivre la trajectoire fixée par le gouvernement.
Ce déficit risque de déclencher des « conflits d’usages entre le développement du biogaz, la production alimentaire, ou entre certains biocarburants ». Pour Guillaume Henry, ingénieur de recherche de l’Ensaia, « le monde politique fait preuve d’une certaine inertie pour arbitrer les usages de la biomasse qui nécessitent des choix d’orientation forts ».
Pour produire 140 TWh de biogaz en 2050, « il faut mobiliser environ 50 millions de tonnes de matière sèche par an », soit « un cinquième de la production de biomasse agricole totale française ». Un tel accaparement des terres, avertit Guillaume Henry, « va bousculer des filières agricoles entières, dont l’exportation de céréales ». Et peut-être ainsi celle de la place de la France sur la scène agricole mondiale.
(1) Prénom modifié.
(2) Avis de la Mission Régionale d’Autorité environnementale de Bourgogne-Franche-Comté sur le projet de création et d’exploitation d’une unité de méthanisation sur le territoire des communes de Cérilly et Sainte-Colombe-sur-Seine (21), adopté lors de la séance du 11 janvier 2022
Photo du haut : à Cérilly, en Côte-d’Or, la plus grande usine de « gaz vert » du pays mobilise des milliers d’hectares agricoles © Morgane Pubert
